由人类统治宇宙的时代开始。人类的势力版图在太阳系不断扩大。为了不久后以地球作为故乡的人群不在继续扩大，拥有殖民星球的各个国家纷纷出发。我们的主人公：多尼·波甘（ドニ·ボーガン）是宇宙联盟军的少校，要员运输战舰加森特（ジャサント）号的舰长。可是主人公和加森特号上的乘务员背地里都是地球人组成的特务小组：尼奥·蒂拉兹（ネオ·テラーズ）成员。他们把暗杀敌对关系，宇宙人类组成特务小组：新·索拉鲁（ニュー·ソラル）的重要人物当做任务。这次，新索拉鲁中涌现的才女莉艾丽·毕索普（リエリ·ビショッ）中校，和她的副官娜欧米·艾邦斯（ナオミ·エヴァンス）少校成了他们的目标。她们打算在在地球召开的联邦政府会议上公开尼奥蒂拉兹非法活动的重要证据。于是，主人公们决定对两位美女长官实行洗脑计划。“明天，我们将靠近泰坦行星，把她们两人接上战舰，利用战舰上的设备，对她们两人进行彻底的洗脑吧！”主人公与她们有一面之缘。当然，那是主人公屈辱的回忆。为了报复，主人公才努力坐上了今天这个位置。“那么洗脑计划，启动！”加森特号庞大的身躯渐渐靠近泰坦行星... ...《监狱战舰》来了！